学报《北京大学学报》共有三个分版，即《自然科学版》、《人文科学》（后改为哲学社会科学版）和《医学版》，历史悠久，其中，自然科学版创建于1955年12月，哲学社会科学版创刊于1955年，医学版创刊于是1959年，在国内外均有重大影响力。
自然科学
性质
北京大学 学报（自然科学版）创建于1955年12月，是北京大学主办的自然科学（包括技术科学）综合类学术性刊物。主要刊登北京大学教师、研究生及海内外校友在基础科学、技术科学和边缘科学等领域的研究成果及综述性文章。由北京大学10个理科院、系、所的40名教授组成学报编委会，负责确立学报的办刊宗旨及审定论文的学术质量。 1954年，北京大学校务委员会通过了《关于出版<北京大学 学报 >的决定》，在该决定中明确指出创办“学报”的目的，旨在“传播科学研究的成果，交流学术思想，开展学术上的自由论辩以推动科学研究工作”。
1955年12月，《北京大学学报（自然科学版）》第一卷第1期正式出版， 周培源 为第一任主编，副主编为刑其毅、 赵以炳 。第一届编委中便有7位是1955年 中国科学院 聘任的第一批学部委员（即中国科学院院士）。1955年出版至今，周光召、 徐光宪 、 廖山涛 等大批院士都担任过学报的编委或在学报上发表过文章。
荣誉
1995年7月获 北京市 高校系统自然科学学报“三优”评比 一等奖 ；11月获国家教委“全国高校自然科学学报系统优秀学报 二等奖 ” 1996年11月获国家教委“国家教委系统优秀科技期刊一等奖” 1997年3月获中宣部、新闻出版署、国家科委联合颁发的“第二届全国优秀科技期刊一等奖” 1999年5月获教育部“全国高校优秀科技期刊一等奖”（教育部发文：相当于部级“科技进步一等奖”）；同年10月获国家首届“ 国家期刊奖 ”并得到科技部奖励 2001年11月经新闻出版总署和科技部等有关部委选定，《北京大学学报（自然科学版）》进入国家“期刊方阵”中最高一层的“双高”（高水平、高知名度）期刊阵列，成为教育部主管的 综合性大学 自然科学 学报 唯一入选者 2002年12月获第二届“国家期刊奖” 提名奖 （相当于国家级 二等奖 ） 2004年9月获教育部“全国高校优秀科技期刊 一等奖 ” 2005年1月获第三届“ 国家期刊奖 ”提名奖 2004—2007年连续4年荣获 中国科学技术信息研究所 颁发的“ 百种中国杰出学术期刊 ”称号 2006年11月获教育部颁发的“首届中国高校精品期刊奖” 2008年11月获教育部“第二届中国高校精品科技期刊奖”。“ 学报 ”多年来被国际科技界公认的6大权威科技期刊检索数据库中的4种：CA（ 美国 《 化学文摘 》）、SA（ 英国 《 科学文摘 》）、 俄罗斯 《 文摘杂志 》、科学技术文献速报（ 日本 ）收录；还被国际著名的专业性检索期刊MR（美国《数学评论》）、Zbl 数学 （ 德国 《数学文摘》）、GeoRef（美国《地质参考》）等收录。从1996年起，被收入Ei的扩展版，成为国内少数被Ei收录的自然科学综合类期刊之一；2005年起，“ 学报 ”文章被Ei全部收录。据不完全统计，“ 学报 ”被26种国内权威文摘期刊或者数据库收录。
自1992年来，“学报”一直被评为中文核心期刊。1995年以来，“学报”共获得国家级和部委级奖励8次，其中国家级3次。截止到2005年11月， 北京大学 校内及其他一些单位的中科院和工程院院士在“学报”上发表文章的共计63人，共发表论文440篇。
高引论文
邓志鸿；唐世渭；张铭；杨冬青； 陈捷 ， 本体论 研究综述，2002-5，被引2226次 。
哲学社会科学
历史
北京大学学报(哲学社会科学版)是北京大学主办的大型综合学术理论刊物。北大文科向来驰誉海内外，学术上循思想自由，兼容并包，创学建派，蔚为大观。当年，陈独秀、 李大钊 办《 新青年 》， 蔡元培 办《北京大学月刊》， 胡适 办《国季刊》，开风气之先，影响深远。1955年创刊的北大学报，既继承《北京大学月刊》、《国学季刊》探求学术求实和严谨的学风，又发扬《新青年》感应时代风云敏锐和创新之精神，在近半个世纪的风雨历程中，承传学术，积累文化，服务教学，扩大交流，发表过一大批名家新秀的重要论文。如今经过 改革开放 时代大潮的洗礼，本刊坚持人文社会科学的正确导向，走理论联系实际、学术结合时代之路，追踪 社会思潮 、理论前沿和学术热点，以学术上的领先 地位而名列中国优秀 学术期刊 的前茅，成为中国最有影响的大学学报之一。
宗旨
《北京大学学报》（哲学社会科学版）是北京大学主办的大型综合性学术理论刊物。办刊宗旨是：坚持正确的人文导向，贯彻“双百”方针，继承 北京大学 优良学术传统，走理论联系实际、学术结合时代之路，追踪社会思潮、理论前沿和学术热点，在重大理论问题上反映北大的声音，在学术探索和创新上体现北大的水平，辟有一系列有创意、有特色的学术专栏。
荣誉
所得荣誉
连续获第一、二、三届 国家期刊奖 ，保持“三连冠”的荣誉，为首批入选教育部高校哲学社会科学名刊的学报。近年来获得下列主要荣誉：
1.1999年获首届国家期刊奖。近千家高校社科学报中只有本刊和 山东大学 《 文史哲 》两家刊物获此奖项。
2.2002年获第二届国家期刊奖。近千家高校社科学报中只有本刊和中国人民大学学报两家获此奖项。能够蝉联第一、第二届国家期刊奖，近千家高校社科学报中只有本刊一家。
3．2001年入选中宣部和国家新闻出版总署评定的"中国期刊方阵"最高层次"双高"期刊（高知名度、高学术水平）。进入"中国期刊方阵"共分四个层次，进入最高层次的在近千家高校社科学报中只有本刊一家。
4．1995年，新闻出版总署举办首届全国社科期刊评奖，获优秀学术理论期刊奖。全国林林总总的学术理论刊物中只有七家获此奖项，高校社科学报中只有中国人民大学学报和 北京大学 学报两家获此奖项。
5．1997年和1999年连续被国家新闻出版总署评为第一届、第二届全国百种重点社科期刊。
6．1998年北大学报发表的 黄楠森 《必须坚持辩证唯物主义》一文于1999年获中宣部" 五个一工程奖 "论文奖。
南京大学 中文社会科学评价中心公布的中文社科 学术期刊 影响因子（ CSSCI ）统计，1998--2002年社科综合类学报平均影响因子排序，我校学报排第1名。
清华大学 中国学术期刊（光盘版）电子杂志社统计的 综合性大学 社科学报文献计量指标，2002年论文下载量排序， 北京大学 学报也是居第1名。
北京大学图书馆 研制的《 核心期刊目录 》1992、1996、2000、2004四版均收录北大学报为核心期刊。中国社会科学院文献信息中心研制的《 中国人文社会科学核心期刊要览 》亦收录北大学报为核心期刊。
高引论文
费孝通，反思·对话·文化自觉，1997-3，被引1240次 。
医学版
历史
自1959年创刊至今，经历了3次更名。最初称为《 北京医学院 学报》，由北京医学院主办。1985年学校更名为 北京医科大学 ，学报也更名为《 北京医科大学学报 》。2000年4月3日， 首都医科大学 与 北京大学 正式合并，组建新的北京大学。2000年5月4日，北京医科大学正式更 名为 北京大学医学部 ，中国科学院院士、病理生理专家韩启德教授出任医学部的主任。2001年，《北京医科大学学报》更名为《北京大学学报（医学版）》。
简介
《北京大学 学报 （医学版）》是国内外公开发行的高级综合性医学学术性期刊（双月刊）。主要报道医学科学领域的最新研究成果，刊登具有国内外先进水平的 基础医学 、 临床医学 、 预防医学 、 生物医学 、 药学 及与医学有关的边缘学科的高水平、高质量的科研论文。《 学报 》根据医学领域研究前沿或热点课题及当前重大疾病，每年组织2到4期重点专题。重点专题来稿均为国内各相关领域具有较大学术影响的学科带头人的研究成果，基本反映了国内各相关领域的最高水平。
影响
国外： 美国 医学文献分析和联机检索系统（ 美国国家医学图书馆 /PubMed）、美国 化学文摘 数据库及其《化学文摘》（CA）、 俄罗斯 《文摘杂志》（PЖ）和 世界卫生组织 《医学增补文摘》（Extra MED）收录。
国内：中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）、中国科学引文数据库（CSCD）、中国 生物医学 文献数据库（CBMdisc）、中文生物医学期刊文献数据库（CMCC）和中文核心期刊要目总览（第4版）核心期刊。也是《 中国医学文摘 》、《 中国生物学文摘 》和《 中国药学文摘 》收录期刊。本刊全文入编万方数字化期刊全文数据库、 中国知网 和中国学术期刊（光盘版）全文数据库。
高引论文
李逊 ； 曾国华 ； 袁坚 ； 吴开俊 ；单炽昌；郭彬；梁志雄，经皮肾穿刺取石术治疗上 尿路结石 (20年经验)，2004-2，被引509次 。