西南军政长官公署是 国民政府 和国防部在 中国西南地区 川、康、云、贵、渝四省一市的派出机关，直隶行政院。1949年5月1日成立于重庆。
成立时间
抗战胜利还都 南京 后，1946年5月间，成立了国民政府军事委员会委员长重庆行营。机关设在林森路原“军事委员会”地址(现解放西路重庆日报馆)。其人员是由原军委会成都行辕和陆军总部部分人员合并组成。主任 何应钦 ，代主任 张群 (何应钦未到任)，参谋长 萧毅肃 ，副参谋长余中英，秘书长刘寿朋。
政要简介
1947年5、6月间， 张群 调任行政院长，7月间 朱绍良 接任主任，萧毅肃仍任参谋长，范诵尧任副参谋长，廖楷陶任秘书长。1948年3月， 蒋介石 就任总统，改称为重庆绥靖公署。萧毅肃升任副主任兼参谋长。1948年下半年萧毅肃调升国防部副参谋总长后，由范诵尧代理参谋长。1949年1月，朱绍良调任福州绥靖公署主任兼 福建省 政府主席；又特任 张群 接替朱绍良职务；1949年5月将“重庆绥靖公署”改称为“西南军政长官公署”。由“行营”到“长官公署”都是 国民政府 和国防部在西南的派出机关，对各省市地方 军政 机关是指导关系，不是隶属关系。对辖区内的部队省督练、命令、指挥、调遣之权，但无人事和经理之权。对部队的 人事管理 直属于 国防部 。
以 张群 为长官， 钱大钧 为副长官(以后又相继增加 邓锡侯 、 杨森 、 贺国光 、 王缵绪 、 潘文华 、 孙震 、 唐式遵 为副长官)。国民政府迁往 成都市 后，于12月7日改派 顾祝同 为西南军政长官， 胡宗南 为副长官兼参谋长。12月底由胡宗南代理长官，移驻 西昌市 。1950年3月，中国人民解放军进入 西昌 ，长官公署溃散。